La actividad metabólica de las células genera productos de desecho que deben ser eliminados fuera del organismo, ya que si se acumulan resultan tóxicos. Entre estas sustancias se encuentran: el dióxido de carbono, el amoniaco y la urea.
El dióxido de carbono se expulsa gracias a la acción conjunta de los aparatos circulatorio y respiratorio, a través de las superficies de intercambio.
De la eliminación del resto de sustancias se encarga el aparato excretor. Los animales más sencillos, como esponjas y celentéreos, no poseen aparato excretor, y vierten las sustancias de desecho directamente al medio a través de la superficie del cuerpo.
Los anélidos y platelmintos poseen unas estructuras llamadas nefridios, que son unos tubos sencillos o ramificados que se abren al exterior a través de poros excretores.